Meinst du mit rütteln eventuell " Bremsrubbeln", dann kann es eigentlich nur zwei möglichkeiten geben.
1. Deine Bremsbeläge sind hin, eventuell verglast, ist nicht schlimm neue rein, bremsflüssigkeit nicht vergessen zu wechseln und gut is.
2. Deine Bremsscheiben haben einen Schlag ( Höhenschlag) nennt man das, wenn dein Bike so eine Laufleistung um 30.000tkm hat, ist so etwas schon im rahmen des möglichen. Dann helfen nur neue.
Das die Scheiben heiß werden ist ganz normal, Luft im System würd ich ausschließen, entlüften schadet aber nicht.